Dự án này được chia làm 3 giai đoạn. Giai đoạn 1 được thi công từ nay đến 2015 với tổng số tiền là 215 triệu USD bao gồm 1 số hạng mục chính như: Hệ thống cầu dẫn dài trên 3,1 ngàn m; Hệ thống sân, kho tiếp nhận.. Giai đoạn 2 sẻ được tiến hành từ 2015-2020 với tổng mức đầu tư là 172 triệu USD để nâng lên 4 bến Còn giai đoạn 3 dự kiến sẻ được xây dựng từ năm 2020-2030 với tổng số tiền đầu tư khoảng 170 triệu USD nhằm mục đích nâng Cảng biển nước sâu Cửa Lò từ 4 bến lên 8 bến để tiếp nhận tàu có tải trọng lớn vào bốc dỡ hàng hóa.
Hiện nay, các thủ tục thỏa thuận tuyến mép bến cảng đã hoàn thành. Các đơn vị có liên quan đang trình Bộ giao thông vận tải duyệt thiết kế cơ sở để chuẩn bị bồi thường giải phóng mặt bằng giai đoạn 1 với diện tích là 22 ha.
